Il est fréquent que les larves de mouche des semis pénètrent dans les graines en germination afin de se nourrir à l’intérieur de celles-ci. Elles peuvent aussi grignoter directement les cotylédons des plants. Par conséquent, elles détruisent souvent les germes et favorisent l’entrée de microorganismes pathogènes provoquant l'apparition de pourriture. Les semences en développement sont particulièrement à risque d’être attaqué lors de longues périodes de germination froides et humides. Des galeries sont parfois observables au niveau de la tige ou du collet des plantules. Les larves se nourrissent aussi des racines causant un dépérissement des parties aériennes et parfois la mort des plants. Les larves peuvent aussi creuser des galeries au niveau des tubercules, favorisant ainsi le développement de pourriture chez ces derniers.