Avant les semis, les semences de soja doivent obligatoirement être inoculées avec des produits à base de bradyrhizobium spécialement pour le soja. Les autres produits, comme ceux utilisés par exemple pour le lupin, sont inefficaces. L’inoculation est indispensable dans nos conditions, sans inoculation il peut y avoir des pertes massives de rendement. Certains lots de semences sont pré-inoculés. Il est toutefois conseillé de ré-inoculer la semence juste avant le semis. En effet, des essais ont montré que l'efficacité d'une pré-inoculation est très insuffisante.