Planter du manioc en continu dans le même champ année après année entraîne la prolifération des maladies et des nuisibles, la diminution des rendements et l’échec des cultures.
Pour éviter cela, les agriculteurs biologiques doivent attendre au moins deux ans avant de replanter du manioc dans un même champ et doivent établir un système de rotation des cultures. En général, un système de rotation améliore la fertilité du sol, réduit l’érosion et permet de contrôler les maladies et les nuisibles. Une rotation de cultures appropriée dépend de différents facteurs tels que les conditions climatiques, la demande du marché, ainsi que les compétences et les objectifs des agriculteurs.