Cet Aspergillus est particulièrement fréquent dans les régions chaudes et humides du globe (zones tropicales et subtropicales). Il est souvent isolé du sol, de végétaux, de graines (il contamine les graines d'arachides et les rend impropres à la consommation car il sécrète des aflatoxines qui sont cancérigènes). Chez l'homme il peut, comme A. fumigatus provoquer une pathologie pulmonaire, des kératites, des infections de la sphère oro-pharyngée.
Aspergillus flavus provoque des allergies pulmonaires, des infections pulmonaires pouvant être invasives chez l'immunodéprimé, des kératites, des infections des sinus et des otomycoses.