La première voie d'infection possible est externe les spores du champignon transportées par divers vecteurs (vent, pluie, insectes) s'installent sur les enveloppes externes des différents organes de la plante, germent et pénètrent dans les tissus, par effraction ou en utilisant les blessures naturelles. Pour certains auteurs, la voie externe d'infection la plus fréquemment utilisée par F. moniliforme passerait par les soies au moment de l'épiaison. La seconde voie d'infection pouvant être empruntée par le Fusarium est interne. Progressant vers le sommet du plant, le champignon parvient jusqu'au rachis de l'épi et s'installe dans les grains où il demeure en état de latence. Cette infection systémique peut être d'origine endogène ou exogène. Endogène si les semences sont contaminées avant leur plantation, exogène si les souches de Fusarium vivant dans le sol pénètrent dans les racines de la plantule après germination de la graine.