Un diagnostic précis est essentiel car la pourriture racinaire de Pythium est souvent confondu avec des pourritures des racines causées par des champignons tels que Phytophthora, Rhizoctonia, Chalara, Cylindrocladium, Fusarium et Aphanomyces. Identifier quelle espèce de Pythium est présent est également important car ils varient dans leur gamme d'hôtes et les exigences de température. Le mycélium qui pousse sur les racines est très fin et incolore et ne retient pas les particules de sol comme le fait Rhizoctonia. Il peut être difficile de le voir à travers une loupe. Le diagnostic nécessite idéalement un examen microscopique et un isolement des tissus infectés sur un support artificiel sélectif. Lorsque l’examen microscopique est fait, on peut observer de fins fils végétatifs de Pythium. Les oospores à parois épaisses seront clairement visibles chez les sujets infectés.