Malgré leur nombreux aspects bénéfiques, dans certaines circonstances les engrais verts peuvent aussi devenir des problèmes et faire perdre du temps au jardinier. Si on laisse fleurir l'engrais vert et que des graines se forment, elles vont se ressemer et "polluer" les cultures suivantes. Pour l'éviter il faut couper l'engrais vert lors de la première partie de floraison, avant que les premières graines se forment. En cas de problèmes lors de l'implantation de l'engrais vert, les mauvaises herbes peuvent se développer et le concurrencer. Il sera ainsi moins efficace et la destruction ainsi que le désherbage seront plus long et fastidieux.