Ils restent généralement superficiels, pour ne pas altérer la fertilité physique, chimique et biologique des sols. Buttage, binage, hersage activent la vie du sol, freinent l’évaporation et luttent contre les adventices, l’implantation de plantes à enracinement profond. Les engrais chimiques de synthèse sont interdits. Valoriser des matières organiques issues de la ferme (fumiers, composts, etc) ; associer des cultures (exemple : céréales et protéagineux) ; Implantation d’engrais verts, le recours à des apports complémentaires d’engrais organiques ou minéraux peut intervenir dans les limites réglementaires. Des effluents d'élevages conventionnels (mais non « industriels ») peuvent être épandus sur des terres bio en cas d'indisponibilité d'effluents bio.