Chez les légumes racines, certaines espèces nécessitent un sol "propre", sans débris végétaux, pour que la racine se développe sans rencontrer d'obstacles. C'est le cas des carottes, du panais, des salsifis etc. Pour pallier à ce problème, l’on a la possibilité d’arracher l'engrais vert avec les racines. D'autres légumes de la famille des alliacées supportent mal les matières organiques en décomposition (oignons, ail, échalotes etc.). Cela peut provoquer de la pourriture au niveau du bulbe.