Le principal facteur favorisant l'attaque de la Septoriose dans une plantation sont les Semences contaminées. Elles favorise donc la contamination de la plante puisque le pathogène réside déjà dans la graine ou le grain. la période aussi joue un rôle purement important. Un Temps chaud et humide favorise beaucoup le développement de la maladie. Etant une maladie cryptogamique, les conditions optimales de températures pour une bonne germination des plants leur favorise un développement harmonieux.
Sans oublier les Dégâts de gel pour le lin d’hiver et l'Excès de végétation, notamment en floraison