Visibles à l'épiaison, les symptômes apparaissent sous forme d'excroissances noires allongées en forme d'ergot (sclérotes) dépassant les glumes ; elles peuvent atteindre jusqu'à 2 cm de long. A la maturation du blé, les sclérotes tombent au sol sous l'action du vent ou lors de la moisson. Présentes dans la partie superficielle du sol, elles produisent au printemps les périthèces, organes qui libèrent les ascospores. Disséminées par le vent, elles contaminent les fleurs de graminées sauvages plus précoces que les céréales.
Quelques jours après, une goutte sirupeuse contenant des conidies (spores) apparait à l'extérieur des enveloppes florales ; elles sont dispersées par la pluie ou les insectes et contaminent les autres céréales. La goutte de miellat apparait une dizaine de jours plus tard ; l'ovaire est recouvert d'un feutrage blanc et l'ergot se développe.