Il existe deux méthodes de lutte contre la fusariose de l’épi à savoir la lutte agronomique et celle phytosanitaire. La lutte agronomique consiste à l’enfouissement ou broyage de façon fine des résidus de maïs et sorgho. Le choix variétal est un des leviers majeurs pour lutter contre les fusarioses de l’épi. Si la résistance n’est pas totale, il est possible de lutter efficacement en choisissant des variétés adaptées. Concernant la lutte phytosanitaire, l'efficacité des fongicides dépend de la nature des champignons responsables de la fusariose. Les produits ont une efficacité préventive et incomplète. Pour une dominante F. graminearum le positionnement du traitement au début de l’apparition des premières étamines est essentiel pour assurer la meilleure efficacité. Celle-ci n’excède pas 60 % même pour un traitement bien positionné. Pour une dominante Microdochium, dont la population actuelle présente des résistances à différentes molécules, le nombre de solutions est restreint. Là aussi le positionnement au stade floraison est recommandé. En l'absence d'outils de prédiction fiable, le choix du traitement pourra s'orienter vers des produits polyvalents ou vers des produits actifs sur l'espèce la plus fréquente.