Il n'existe pas de moyens de lutte contre la fonte des semis, une fois que celle-ci est déclarée. Les seules mesures à prendre sont préventives. La première mesure est le respect des bonnes pratiques agricoles à savoir préparer le lit de semence; semer dans de bonnes conditions climatiques pour une levée rapide; semer le plus clair possible et éclaircir rapidement les semis trop serrés ; respecter la profondeur préconisée pour les semis ; ne pas arroser exagérément ; vaporiser les feuilles plutôt que d'arroser le sol ; utiliser des semences de qualité, non abîmées ou malmenées ; désinfecter le matériel de culture. L'autre mesure à prendre est l'utilisation de produits naturels comme le charbon de bois, l’ail, la décoction de prêle. Le charbon de bois a la propriété d'absorber de nombreux éléments comme certains champignons pathogènes, ou même l'eau, permettant ainsi à la zone recouverte de ne pas être détrempée. L'ail possède également des propriétés antibactériennes et antifongiques. A utiliser en infusion, à pulvériser au moment des semis et lors des arrosages.