La carie de Karnal est causée par le champignon Tilletia indica qui est présent dans les semences ou au sol. Ce champignon peut survivre 4 à 5 ans. Quand les conditions le permettent, les spores présentes dans le sol contaminé ou ces résidus de plants se propagent dans les plants se propagent aux plans sains et aux inflorescences.les spores peuvent se propager aussi à travers les équipements fermiers, les outils, les vêtements et même les véhicules. Il peut y avoir infection au moment de la floraison. L’un des facteurs favorisant le développement de la maladie est le climat. Durant la formation des grains, un climat humide et une température comprise entre 18 et 24°C permettent l’avancée de la maladie.