Les symptômes de la maladie fongique de la carie naine de blé sont relativement semblables à ceux de la carie ordinaire. Les épis infectés par Tilletia controversa sont plus fins et restent verts plus longtemps que les épis sains. Les glumes sont ouvertes sur une partie ou l’ensemble des épillets, montrant la carie (spore) qu’ils contiennent, qui est plus grande qu'un grain normal. Elle est de couleur gris-brun. Elle éclate au moment de la récolte, relâchant des spores poudreuses blanches qui dégagent une odeur de poisson, d’où le nom de carie du blé ou charbon couvert. Les plantes n’atteignent qu'une fraction de leur taille normale. Les pointes sont généralement plus larges et les glumes bien plus ouvertes que dans les plantes infectées par Tilletia tritici et Tilletia laevis.