Pour prévenir la carie naine du blé, il faut utiliser des cultivars résistants. Cependant, les champignons peuvent former de nouveaux isolats susceptibles de briser la résistance. Utiliser des semences saines et désinfectées. L’emploi de fongicides peut contribuer à limiter l’inoculum transmis par le sol. Semer les cultures d’hiver dès le début de l’automne quand la température est encore supérieure à 15 °C pendant les 11 premiers jours critiques, réduit le risque d'infection par Triticum tritici et Triticum laevis. Étant donné que Triticum controversa attaque essentiellement le second et le troisième stades foliaires, cette méthode est moins efficace contre ce champignon. Prévenir les maladies foliaires en optimisant le potentiel des plantes et la résistance des cultures.