La contamination se fait pendant la floraison. Le champignon pathogène du charbon nu patiente dans l’embryon de la graine et n’attend que la germination de cette dernière pour reprendre son activité. La partie végétative du champignon, le mycélium, se développe alors dans la plante jusqu’aux ébauches florales, dans les tissus de l’épi et forme des masses de spores noires à l’emplacement des grains. Ces spores, une fois libérées, contaminent alors, grâce au vent, d’autres épis lors de la floraison. Elles germent et le mycélium qui en est issu va se loger dans l’embryon des graines en formation. Le champignon entre finalement dans un stade de repos quand le grain mûrit. Il peut se conserver plusieurs années dans le grain.