Un assainissement adéquat peut réduire considérablement le risque d'infection par Pythium aphanidermatum . L'utilisation de pots, de supports et de matériel végétal propres peut aider à prévenir l'infection des plantes par le champignon. Une bonne circulation de l'air entre les plantes peut rendre les conditions moins favorables au développement de la maladie. Un mauvais drainage est un facteur contribuant à la dispersion de Pythium, comme avec d'autres champignons de moisissure d'eau. Pour contrôler l’évolution de la maladie, il est essentiel de bien drainer le sol et d’éviter une irrigation excessive. Cultiver les plantes dans des conditions optimales limitera la maladie, car les plantes vigoureuses sont moins susceptibles d’être infectées et plus susceptibles de se rétablir. La pénétration de nombreux fongicides dans le sol est efficace pour lutter contre P. aphanidermatum. Plusieurs fongicides sont disponibles pour lutter contre P. aphanidermatum dans les pépinières. Le traitement approprié dépend de la plante spécifique.