L'engrais vert peut être un hôte pour certains ravageurs ou maladies. D'une manière générale, il est préférable de ne pas semer une espèce d'engrais vert de la même famille que la culture qui précède et qui suit. Ainsi le cycle de la maladie ou du ravageur sera brisé. Dans les jardins fortement infestés de limaces, l'engrais vert va entretenir leur population en leur fournissant gîte et couvert. Il en est de même avec le taupin ou les campagnols.