La diversité est une qualité inhérente à l'agriculture biologique. Au niveau de la ferme, il s'agit de la diversité des activités agricoles, des écotypes prairiaux, des rotations spécifiques à chaque site, avec un grand nombre de cultures dans les successions, et l'intégration de l'élevage dans les systèmes de culture. Ces mesures d'organisation ont un impact positif sur la diversité de la flore et de la faune et contribuent à la stabilité des fonctions de l'écosystème. L'impact positif sur la biodiversité résulte aussi de l'usage réduit de fertilisants, du désherbage mécanique et des techniques de gestion des maladies et des ravageurs. Il est d'une importance économique cruciale pour les agriculteurs biologiques de favoriser la diversité à tous les niveaux, car la gestion biologique des adventices, ravageurs et maladies échouerait sans un haut degré de diversité.