Une fertilité adéquate du sol est un autre facteur important qui permet au soja d'atteindre son potentiel de rendement maximal. La consultation des analyses de sol et des recommandations de l’université concernant des niveaux adéquats d’éléments nutritifs ainsi que les taux d’élimination des cultures aidera à déterminer la quantité de potassium et de phosphore à appliquer. Lorsque la gamme de pH appropriée est maintenue, les éléments nutritifs du sol seront disponibles pour le soja en vue de leur absorption. Généralement, un pH compris entre 6,2 et 6,8 maximise les rendements en soja. Un pH adéquat améliore également la capacité de la bactérie Rhizobium à fixer l'azote.