La maladie se transmet par la sève contenant le virus et peut être transmise dans d'autres régions principalement par des moyens mécaniques tels que des tondeuses à gazon et d'autres équipements. Pour minimiser la propagation du virus de la mosaïque de la canne à sucre, tout le matériel utilisé doit être désinfecté. Les fongicides et autres pesticides se sont révélés inefficaces face aux maladies virales. Le meilleur moyen de faire face à une maladie virale est la résistance de l'hôte végétal. Le principal outil de gestion a été de transformer les gènes viraux en plantes de maïs, mais les plantes transgéniques suscitent de plus en plus d'inquiétudes quant à leurs effets écologiques négatifs potentiels, telles que l'inversion du silence par les suppresseurs de virus, la complémentation, la synergie et le flux de gènes chez des organismes étroitement apparentés. Des souches résistantes ont été utilisées pour contrôler le virus dans le sud des États-Unis et dans les régions tropicales; cependant, ces souches n'ont pas pu être adaptées dans des conditions plus fraîches présentes en Europe centrale et du nord-ouest.