Le colza permet de rompre le cycle des maladies des céréales et valorise les effluents d'élevage
Le colza a de fortes capacités à valoriser des apports organiques de fin d'été. Il peut absorber plus de 100 kg d'azote, s'il est implanté suffisamment tôt.
Le piétin verse, les fusarioses et le piétin échaudage sont largement favorisés par les rotations céréalières courtes. Les effets bénéfiques du colza dans les rotations céréalières s'expliquent par le seul effet de « coupure ». De plus, la décomposition des résidus de culture du colza, riches en glucosinolates, entraîne la production de composés toxiques pouvant inhiber des champignons conservés dans le sol.