Différents champignons vivant dans le sol sont à la base du pourrissement des racines du manioc. Une récolte précoce et la désinfection des outils de travail permettront respectivement d’avoir des tubercules sains et de briser la chaîne de transmission.



La pourriture des racines s’observe principalement dans les sols mal drainés pendant les périodes de pluie intense. Plusieurs agents pathogènes du sol envahissent les racines de manioc, provoquant soit la fonte des semis en début de phase végétative soit des pourritures humides ou sèches des racines avant la récolte. on note la pourriture à Sclerotium imputable au champignon Sclerotium roltsii et la pourriture molle due à Phytophthora drechsleri, Pythium spp et Fusarium solani. En Colombie, les agriculteurs ont éliminé la pourriture des racines en plantant des boutures provenant de plants sains, en utilisant des cendres et des feuilles sèches pour amender et fertiliser le sol et en plantant du niébé en tant que culture intercalaire. Un moyen de lutte biologique efficace consiste à immerger les boutures dans une suspension de Trichoderma viride, un champignon du sol parasitant tous les autres champignons qui se disséminent dans le sol.

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