La pourriture rouge du soja est causée par un champignon appelé Cylindrocladium crotalariae, qui infecte les racines tôt dans la saison après la plantation, mais qui joue longtemps. Souvent, les symptômes n'apparaissent pas avant les stades de croissance de R3 à R5. À ce stade, ils peuvent provoquer une chlorose intraveineuse, le flétrissement, la mort des plantes et la pourriture des racines. Comme son nom l'indique, la pourriture de la couronne rouge se distingue par les minuscules structures rouges appelées périthèces qui recouvrent la surface de la tige près du sol, lui donnant une teinte rougeâtre.