La contamination du Phomopsis du Tournesol se produit en bordure des feuilles où se forme une tache triangulaire brune dont la pointe progresse vers le pétiole et la tige.
Lors du passage sur la tige, la tache, le plus souvent de couleur brun-rougeâtre, tend à cerner la base du pétiole. En conditions climatiques favorables, elle s’étend jusqu’à encercler la tige, avec pour effet un échaudage du capitule et la casse de la tige, responsables de graves pertes de rendement. La contamination sur capitule s’effectue depuis une bractée ou d'une des petites feuilles du dos du capitule. Une tache beige-brun, d’abord arrondie puis triangulaire, évolue vers la crosse du capitule. Les graines restent en place mais le capitule tout entier peut sécher prématurément. Ne pas confondre avec le sclérotinia, qui présente des fructifications ou des sclérotes sur la tache et dans les tissus sous-jacents.