Autre outil essentiel pour la traçabilité des produits laitiers : le registre d’élevage. Il s’agit d’un document réglementaire, présent dans toutes les exploitations agricoles françaises. Véritable tableau de bord de la ferme laitière, il est tenu par l’éleveur et détaille les caractéristiques de l’exploitation ainsi que ses productions et les informations relatives à l’encadrement de l’élevage. Le carnet sanitaire des vaches est l’une des composantes du registre d’élevage : ce « carnet de santé » obligatoire répertorie notamment tous les soins effectués sur les animaux et toutes les ordonnances des médicaments vétérinaires utilisés. Au niveau national, le réseau sanitaire bovin, mis en place par le Ministère de l’agriculture, assure la surveillance et le suivi des maladies bovines contagieuses (tuberculose, brucellose). Celles-si ont été quasiment éradiquées des élevages français.