Comme tous les autres rongeurs, le rat musqué cause d’énormes dégâts aux cultures (céréales, maïs et pommes de terre ainsi que les betterave). Les appâts chimiques sont interdits dans toute l'Europe en raison des risques toxiques et écotoxiques qu'ils entraînent. Le piégeage (piège en X, avec agrément et autorisation, ou piégeage à la nasse autorisé sans agrément), le tir à l'arc ou au fusil (avec cartouche sans plomb) et une gestion plus écosystémique (reprofilage de berges en pentes douces, aménagements favorisant les prédateurs des rats-musqués...) sont maintenant recommandés. En France, cette espèce est inscrite sur la Liste des animaux susceptibles d'être classés nuisibles.