Les mouches déposent leurs œufs autour des jeunes carottes, les larves, une fois sorties de l'œuf, creusent un tunnel dans la racine. Puisque les femelles de la mouche de la carotte volent très bas, la meilleure méthode de prévention est de lever une barrière autour du carré de carotte d'au moins 60 cm de haut. On peut aussi utiliser des laines horticoles servant comme toison de couverture. Des variétés nouvelles de carottes plus résistantes à la mouche de la carotte peuvent être testées. Épandre des pelures d'oignon autour des pieds de carottes pour les protéger de la mouche de la carotte.La culture du poireau en compagnonnage avec celle de la carotte permet de lutter sainement contre la mouche de la carotte.