La lutte est principalement préventive car il existe très peu de moyens curatifs en végétation pour endiguer les invasions des mouches des semis et de leurs larves. Aucun insecticide référencé n’est autorisé. Il est possible de traiter les semis. Plusieurs précautions doivent être respectées, comme celle d’éviter d’utiliser du fumier ou des engrais organiques, qui attirent les mouches. Par ailleurs, le sol doit être labouré. L’élimination des résidus de culture enraye la prolifération des mouches. En revanche, cette préparation de la parcelle doit se faire plusieurs semaines avant le semi, puisqu’un sol sec au moment de la plantation ralentira considérablement les pontes.