Les rotations alternant les cultures d'hiver, de printemps et d'été sont recommandées pour limiter l'émergence de la sétaire verticillée. Les graines de cette adventice ont une survie dans le sol faible à moyenne.
Cela dit, il est possible de les enfouir en profondeur et à en éliminer une bonne partie par le labour. Il serait intéressant de faire un enfouissement occasionnel tous les 3 ou 4 ans pour la réussite de la technique. Cet enfouissement est aussi recommandé après la récolte d'une culture dont le désherbage s'est soldé par un échec. La mise en place des faux-semis peut permettre de détruire une bonne partie des pousses de la sétaire verticillée. Il faut cependant que les conditions soient réunies pour la croissance rapide de la mauvaise herbe.