L'acifluorfène a une toxicité modérée pour les mammifères et son potentiel de bioaccumulation suscite certaines inquiétudes. C'est un irritant reconnu.
L'acifluorfène-sodium est modérément toxique pour les oiseaux, les abeilles domestiques et la plupart des organismes aquatiques. Il est relativement non toxique pour les vers de terre. Sur le plan de la toxicité pour l’Homme, la dose journalière acceptable est de l’ordre de : 0,0025 mg·kg-1·j-1. L'acifluorfène peut provoquer des lésions oculaires graves. D'autres effets ne se produisent qu'à des doses plus élevées. Les symptômes d'exposition aiguë à l'acifluorfène ne sont pas enregistrés chez l'homme. Chez l’animal, l’acifluorfène a des effets néfastes sur le développement, le poids du foie et des reins. La recherche indique qu'il n'est pas mutagène.