L'anthraquinone est une matière première importante pour la production de colorants à l'anthraquinone, par exemple l'alizarine.
Les 2-alkylanthraquinones sont utilisées comme catalyseurs dans la production industrielle de peroxyde d'Hydrogène par le procédé à l'anthraquinone. L'anthraquinone est utilisée dans la fabrication de teintures et pigments. Elle est aussi utilisée dans la fabrication industrielle de pâte à papier. Une autre utilisation est celle de répulsif à l'égard des oiseaux pour les plantations. L'anthraquinone et la benzoquinone peuvent être utilisées comme électrolytes dans le fonctionnement de batteries à flux redox organique. En outre, il a été utilisé sous le nom de "Morkit" comme moyen de lutte contre les oiseaux après le semis pour le traitement des semences.