L'interdiction de cette substance fait suite à l'inquiétude provoquée par la fréquence et l'importance de la contamination des eaux par l'atrazine.
Cette contamination touche à la fois les cours d'eau, par ruissellement, et les eaux souterraines, par infiltration. Comme tous les pesticides de synthèse, l'atrazine n'existe pas dans la nature. Sa seule présence est un indicateur de contamination des eaux. Elle est omniprésente dans l’environnement, dans les eaux de surface comme dans l’eau souterraine. Ainsi, les pollutions dans les eaux de surface sont plutôt mesurées par la concentration d'atrazine tandis que les pollutions dans les eaux souterraines doivent plutôt être suivies par le métabolite.