Le bénomyl est peu toxique pour les mammifères. Une exposition cutanée peut entraîner une irritation de la peau. Les fleuristes , les ramasseurs de champignons et les floriculteurs ont signalé des réactions allergiques au bénomyl.
Avec une exposition plus longue, des lésions hépatiques plus graves, notamment une cirrhose , apparaissent. L’ Environmental Protection Agency des États-Unis a classé le bénomyl parmi les substances potentiellement cancérogènes. Les études cancérogènes ont donné des résultats contradictoires. Une étude expérimentale de deux ans sur des souris a montré qu'il provoque une augmentation des tumeurs du foie. Le ministère britannique de l'Agriculture, des Pêcheries et de l'Alimentation a estimé que cela était dû à l'effet hépatotoxique du bénomyl.