L'anthraquinone se trouve naturellement dans certaines plantes (rhubarbe, arbuste et genre Aloe), les champignons, les lichens et les insectes, où elle sert de squelette de base à leurs pigments. L'anthraquinone apparaît également dans les mines naturellement comme un minéral rare appelé hoélite. Les dérivés naturels de l'anthraquinone ont tendance à avoir des effets laxatifs. On le trouve dans le jus de noni par exemple.